Bånddiagram
Et bånddiagram (også kendt som Richardson-diagram eller engelsk ribbon diagram) er en 3D-skematisk repræsentation af proteinstruktur og er i dag en af de mest anvendte metoder for proteinafbildning. α-helicer vises som vindede bånd (spiraler) eller som cylindre, β-strenge som flade pile og tråde for turns og tilfældige andre strukturer. Polypeptidkædens retning kan indikeres af en farverampe langs med båndet.[1]
Humant glyoxalase I vist som bånddiagram. En oversigt over de forskellige motiver benyttet i bånddiagrammer er vist i skemaet herunder.
Bånddiagrammer er simple, men anvedelige, når den basale rummelige struktur skal afbilledes. Metoden har med held portrætteret den overordnede organisering af proteinstruktur, der afspejler 3-dimensionelle oplysninger, og giver mulighed for bedre forståelse af et komplekst objekt for strukturelle biologer.
Motiver i bånddiagrammer
| Sekundær struktur | ||
|---|---|---|
| α-Helicer | Cylindriske spiralbånd | |
| β-Strenge | Pile med tykkelse på omkring en fjerdel af deres vidde, der viser retning og twist for fladen fra amino- til carboxyenden | |
| Loops og diverse | ||
| Ikke-gentagne loops | Runde reb der er tykkere i forgrunden og tyndere bagmod. | |
| Junctions mellem loops og helicer | Runde reb der gradvist flader ud til et tyndt helisk bånd. | |
| Andre motiver | ||
| Polypeptidretning,
NH2- og COOH-terminaler |
Små pile i én eller begge ender eller ved hjælp af bogstaver. For β-plader er pilens retning nok. I dag angives retningen af polypeptidkæden ofte indikeret af en farverampe. | |
| Disulfidbindinger | Sammenlænket SS-symbol eller et zigzag, som et lynsymbol | |
| Prostetiske grupper eller inhibitorer | Molekylemodeller. | |
| Metalioner | Kugler. | |
| Skygge og farver | Skygge eller farver tilføjer dimensionalitet til diagrammet. Generelt er motiverne i forgrunden mørkest, mens det bliver lysere og mindre kontrast bagtil. | |
Referencer
- "Thomas J. Smith". Arkiveret fra originalen 28. marts 2002. Hentet 12. august 2008.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.